【佳學(xué)基因檢測】在對家族多代人進(jìn)行外顯子組測序基因檢測：改進(jìn)對NGS測序數(shù)據(jù)的解釋

2022年靶向藥價(jià)格一覽表—目的

基因測序尤其是全外顯子測序及全基因組測序獲得遠(yuǎn)超過數(shù)據(jù)庫有記錄的變異體，基因解碼技術(shù)課題調(diào)研腫瘤個性化藥物研究路徑《腫瘤基因突變度與預(yù)防策略的實(shí)施計(jì)劃》《Pharmacol Rev》在 2020 Oct; 72(4): 862–898發(fā)表了一篇題目為《在多代家族中復(fù)制外顯子組測序：改進(jìn)對下一代測序數(shù)據(jù)的解釋》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Ai-Ming Yu,等完成。提供了一種除大數(shù)據(jù)以外的主度聚焦的基因組數(shù)據(jù)分析解讀方法，是基因解碼技術(shù)對基因檢測個體特異性數(shù)據(jù)正確解讀的有效工具。

腫瘤靶向藥物及正確治療臨床研究內(nèi)容關(guān)鍵詞：

全外顯子組測序,WES,遺傳病變,重復(fù)WES,臨床診斷設(shè)置

腫瘤靶向治療基因檢測臨床應(yīng)用結(jié)果

背景：全外顯子組測序 (WES) 正在迅速發(fā)展成為一種選擇工具，用于快速、廉價(jià)地識別人類基因組目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的分子遺傳病變。雖然 WES 對目標(biāo)區(qū)域核苷酸的覆蓋率存在偏差，但在臨床診斷環(huán)境中，WES 的重復(fù)如何改善測序結(jié)果的解釋尚不清楚。方法為了解決這個問題，我們比較了三個獨(dú)立生成的六個個體的外顯子組捕獲代測序一式三份。這為每個技術(shù)復(fù)制庫生成了 48x-86x 的高質(zhì)量映射堿基 (>Q20) 的平均目標(biāo)深度。累積地，我們?yōu)樽V系中的每個人實(shí)現(xiàn)了 179 - 208 倍的平均目標(biāo)覆蓋率。使用這種實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，我們評估了 WES 解釋中的隨機(jī)性、基因分型靈敏度和檢測從頭變異的正確性。結(jié)果：在這項(xiàng)研究中，我們表明 WES 的重復(fù)在匯總數(shù)據(jù)后改進(jìn)了捕獲目標(biāo)區(qū)域的解釋 (93.5 - 93.9%）。與 81.2 - 89.6 % (50.2-55.4 Mb of 61.7 M) 的目標(biāo)堿基覆蓋率在 ≥ 20x 的單個技術(shù)復(fù)制中相比，聚合數(shù)據(jù)覆蓋了 93.5 - 93.9 % 的目標(biāo)堿基 (57.7 - 58.0 of 61.7 M) 在 ≥ 20x閾值，表明覆蓋率提高了 4.3 – 12.7%。每個人的總數(shù)據(jù)集在可變目標(biāo)區(qū)域內(nèi)恢復(fù)了 3.4 – 640 萬個堿基。我們發(fā)現(xiàn)了 WES 技術(shù)固有的技術(shù)可變性 (2-5%)。我們還展示了在評估當(dāng)前條件下缺乏解釋的臨床重要區(qū)域時(shí)改進(jìn)的解釋，影響了美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)院 (ACMG) 推薦用于二次分析的 56 個基因中的 12-16 個。我們證明了比較技術(shù)復(fù)制 WES 數(shù)據(jù)集及其派生的聚合數(shù)據(jù)可以有效地解決整體 WES 基因分型差異。結(jié)論我們描述了一種評估外顯子組文庫制備中的可重復(fù)性和隨機(jī)性的方法，并描述了聚合從技術(shù)復(fù)制中獲得的數(shù)據(jù)的優(yōu)勢。這項(xiàng)研究的意義直接適用于改進(jìn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，并為快速、有效和正確地獲得可靠的候選核苷酸變體提供了機(jī)會。

腫瘤發(fā)生與反復(fù)轉(zhuǎn)移國際數(shù)據(jù)庫描述：

Whole-exome sequencing,WES, genetic lesions,repetition of WES,clinical diagnostic setting

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