【佳學基因檢測】MMA（甲基丙二酸血癥）基因檢測實例展示

基因檢測導讀：

甲基丙二酸尿癥（MMA）是一種先天性代謝缺陷，由多個基因中的一個基因的多個可能的位置發(fā)生突變而引起，且發(fā)病機制通過致病基因鑒定基因解碼得到明確，并通過基因檢測得以應用，基因檢測結果的深入全面進行，有利于找到并設計更為有效的病因治療方法。 佳學基因采用多層組學分析結合 MMA 個體的生化和臨床特征，揭示了 210 例病例中的 177 例 (84%) 的分子診斷基因檢測結果，其中大多數(shù) (148) 例顯示甲基丙二酸單酰輔酶 A 變位酶致病性變異。 按疾病嚴重程度對這些數(shù)據(jù)層進行分層顯示三羧酸循環(huán)失調及其通過谷氨酰胺的補充（回補）。 半合子 Mmut 小鼠模型的多器官代謝組學以及通過鑒定 MMUT 和谷氨酰胺回補酶之間的物理相互作用證明了這些代謝異?；顒拥南嚓P性。 使用穩(wěn)定同位素示蹤，佳學基因清楚發(fā)現(xiàn)用二甲基酮戊二酸治療可以恢復缺陷的三羧酸循環(huán)。 這一工作強調基因檢測后設計的谷氨酰胺回補可以作為 MMA 的潛在治療干預點。

基因檢測成功率分析

在 MMUT 缺陷樣本中，佳學基因在 WGS 數(shù)據(jù)集中搜索了 MMUT 基因的致病變異，在 150 個病例中中確定了 148 名樣本的基因原因。 在這此已確定的致病性基因突變中，有165個錯義基因突變、105個截短基因突變、21個剪接體基因突變、2個導致框內缺失的基因突變和3個因為拷貝數(shù)變異而引起的基因信息變化。其中 41 個基因突變不是通過數(shù)據(jù)庫比對發(fā)現(xiàn)的，必須采用基因解碼技術才能明確。在基因解碼過程中，還采用了RNA-seq。進行新角度、新側面的分析驗證。與其他組相比，MMUT 缺陷個體的細胞中 MMUT RNA 表達降低。 RNA 表達嚴重降低的個體富含剪接和/或截短變異，與無義介導的突變一致。 基于 DIA-MS 的蛋白質組測量顯示，MMUT 缺陷的原代成纖維細胞中 MMUT 蛋白水平降低，這一現(xiàn)象存在于所發(fā)現(xiàn)的所有突變攜帶者的細胞中，驗證了基于基因檢測數(shù)據(jù)所做出的診斷的正確性。與其致病作用一致，MMUT RNA 和蛋白質水平與 PI 和 MMUT 活性呈顯著正相關，而沒有截斷或剪接等位基因驅動這種相關性。 與所有其他樣本相比，MMUT 代表了 MMUT 缺陷樣本中賊顯著失調的 RNA 和蛋白質。

在其余 60 個樣本中，佳學基因在 MMUT 以外的基因中鑒定了 22 個人的雙等位基因致病變異：其中ACSF3基因存在突變的有17 個人、TCN2突變的有3 個人、SUCLA2有突變的有一個患者，而 MMAB上有突變的有一個人。 通過使用 OUTRIDER21 搜索 RNA-seq 異常表達的基因，佳學基因鑒定了兩個 ACSF3 表達非常低的個體； 兩個具有異常的 SUCLA2 表達，在基因組水平上確認了預測的剪接和拷貝數(shù)變異； 兩個 MMAA 表達非常低，經(jīng)互補分析證實； 一種具有低 MMAB 轉錄本，也通過互補分析得到證實。 因此，佳學基因采用基因解碼技術在 60 名剩余個體中確定了 29 名（48%）的分子原因，包括 18 種致病突變，其中 10 種是新的。 總之，基因解碼技術在 210 名受影響個體中明確了 177 名 (84%) 的診斷結果，陽性檢出率達到84%。結果的正確性得到多組學的驗證。其中 150 名患有 MMUT 缺陷，19 名患有 ACSF3 破壞性變異，擴大了 ACSF3 缺乏癥的病例數(shù)據(jù)。